Немецкая оккупация Польши отличалась особой жестокостью. Гитлер включил часть Польши в состав третьего рейха, а остальные оккупированные территории преобразовал в генерал-губернаторство. Все промышленное и сельскохозяйственное производство Польши было подчинено военным нуждам Германии. Польские высшие учебные заведения были закрыты, а интеллигенция подвергалась преследованиям. Сотни тысяч людей были заняты принудительным трудом или заключены в концентрационные лагеря. Особой жестокости подверглись польские евреи, которых сначала сосредоточили в нескольких крупных гетто. Когда в 1942 главари рейха приняли «окончательное решение» еврейского вопроса, польские евреи были депортированы в лагеря смерти. Самым крупным и наиболее печально известным нацистским лагерем смерти в Польше стал лагерь рядом с городом Освенцим, где погибло более 4 млн. человек.

Польский народ оказывал нацистским оккупантам как гражданское неповиновение, так и военное сопротивление. Польская Армия Крайова стала самым сильным движением Сопротивления в оккупированной нацистами Европе. Когда в апреле 1943 началась депортация варшавских евреев в лагеря смерти, Варшавское гетто (350 тыс. евреев) восстало. После месяца безнадежной борьбы без какой-либо помощи извне восстание было подавлено. Немцы разрушили гетто, а уцелевшее еврейское население депортировали в лагерь смерти Треблинка.

Польско-советский договор от 30 июля 1941. После нападения Германии на Советский Союз 22 июня 1941 польское эмиграционное правительство под британским давлением заключило договор с Советским Союзом. По этому договору восстанавливались дипломатические отношения между Польшей и СССР; советско-германский пакт относительно раздела Польши аннулировался; все военнопленные и депортированные поляки подлежали освобождению; Советский Союз предоставлял свою территорию для формирования польской армии. Однако советское правительство не выполнило условия соглашения. Оно отказалось признавать довоенную польско-советскую границу и освободило лишь часть поляков, находившихся в советских лагерях.

26 апреля 1943 Советский Союз разорвал дипломатические отношения с польским правительством в эмиграции, протестуя против обращения последнего в Международный Красный Крест с просьбой о проведении расследования зверского убийства 10 тыс. интернированных в 1939 польских офицеров в Катыни. В дальнейшем советские власти сформировали в Советском Союзе ядро будущего польского коммунистического правительства и армии. В ноябре-декабре 1943 на конференции трех держав в Тегеране (Иран) между советским руководителем И.В.Сталиным, американским президентом Ф.Рузвельтом и британским премьер-министром У.Черчиллем была достигнута договоренность о том, что восточная граница Польши должна пройти по линии Керзона (она приблизительно соответствовала границе, проведенной в соответствии с договором 1939 между германским и советским правительствами).